03/07/09 : réunion au CPMOH. (participants : ).
Rédaction du rapport semestriel
Audition à mi-parcours
Préparation du séjour à Biarritz
30/06/09 : Forum Teratec : Le calcul Haute performance (Paris, Supelec). (participants : A. Esnard pour le LaBRI, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon pour l’IPREM).
26/05/09 : réunion générale en visio-conférence entre le LaBRI et l'IPREM. (participants : D.Foerster, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, A. Esnard, P. Mary et D. Genet pour le LaBRI, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon pour l’IPREM, Nguyen Nguyen Ky pour la DRIMM).
Informations diverses (bilan sur les candidatures pour le stage post-doctoral concernant la poursuite du travail de V. Lignères, participation au forum Teratec, rapport semestriel du projet pour l’ANR, exposé à mi-étape)
Site web : bilan des informations manquantes (fiches personnelles des participants au projet, par exemple)
Etat d’avancement des travaux dans les différentes taches : en l’absence de V. Lignères, A. Marbeuf fait état de résultats très positifs pour la méthode de paramétrisation du champ de forces des silanols de surface même si des problèmes demeurent lors de l’optimisation des paramètres. P. Fayon montre les résultats qu’il a obtenus sur un ensemble de molécules « test » à partir de la version du programme ATOM qu’il a modifié. D. Genet a modifié l’interface graphique de manière à résoudre les problèmes rencontrés par les utilisateurs. Il travaille sur la visualisation en 3D de la densité électronique calculée par le code SIESTA[2] <#_ftn2>. P. Koval s’installe au LaBRI pour travailler à l’optimisation de la version séquentielle du code TDDFT.
Une rencontre avec D. Sanchez (développeur de SIESTA, Donostia International Physics Center, DIPC) est programmée début juillet, à charge pour R. Brown de le contacter. De plus, la date du deuxième workshop NOSSI à Biarritz est fixée au 16 septembre.
06/04/09 : réunion à la DRIMM. (participants : D. Foerster, A. Marbeuf et P. Kovald pour le CPMOH, O. Coulaud, A. Esnard, P. Mary et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky et J. Bernard pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon et V. Lignères pour l’IPREM, P. Gay).
Exposé de V. Lignères : Paramétrage de champ de force pour surfaces de silices imparfaites.
Exposé de A. Esnard : Couplage de code MPI.
Point sur le site Web du projet.
23/03/09 au 25/03/09 : séjour d'O. Coulaud (LaBRI) et D. Genet (LaBRI) pour installation du client de pilotage et visualisation du projet.
13/02/09 : réunion à la DRIMM. (participants : D. Foerster, P. Kovald, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, P. Mary, A. Esnard et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky, pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon, P. Bordat pour l’IPREM).
Exposé de P. Fayon : couplage QM/MM – prise en compte des atomes frontières
Exposé de P. Koval : Progress TDDFT LR : Green function versus spectral function
Démonstration des différentes options du client par D. Genet
17/12/08 au 21/12/08 : séjour d’A. Marbeuf (CPMOH) au Computational Science and Engineering Department, Daresbury Laboratory à Warrington pour travailler à la paramétrisation de potentiels croisés traduisant les couplages entre deux modes d’élongation (« stretching –stretching ») ou entre modes d’élongation et de déformation Estbe (« stretching-bending ») afin de reproduire correctement les spectres de vibration (IR et Raman).
15/12/08 : réunion à l’IPREM. (participants : D. Foerster, P. Kovald, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, P. Mary, A. Esnard et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky, pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon, P. Bordat et V. Lignères pour l’IPREM).
Exposé de R. Brown : mise en œuvre de la méthode DFT dans le logiciel SIESTA
Démonstration des différentes options du client par D. Genet et discussion simultanée sur le cahier des charges
Présentation du couplage QM/MM du point de vue algorithmique par O. Coulaud
21/11/08 : réunion à la DRIMM. (participants : D. Foerster, P. Kovald, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, A. Esnard et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky, pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon, P. Bordat et V. Lignères pour l’IPREM).
Exposé de P. Fayon : état des lieux sur le traitement de la frontière entre la partie quantique et la partie classique dans les méthodes QM/MM.
Discussion autour de l’architecture du code final : communication des différents programmes entre eux et rôle du client (pré-traitement,et post-traitement de données et tache de superviseur).
Lecture de l’ébauche de cahier des charges présenté par P. Fayon et I. Baraille.
10/11/08 au 14/11/08 : séjour à l’IPREM d’Ilian Teodorod (Computational Science and Engineering Department, Daresbury Laboratory, Warrington, UK), l’un des développeurs de dl_poly pour finaliser l’implémentation dans la version de dl_poly 2.20 des modifications réalisées lors des travaux de thèse de P.A. Cazade.
24/10/08 : réunion à la DRIMM. (participants :,P. Kovald, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, P. Mary et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky,pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Bordat et V. Lignères pour l’IPREM).
Présentation du client par D. Genet : discussion autour de la visualisation des données issues de dl_poly qui montre la nécessité de la rédaction d’un cahier des charges de la part des utilisateurs (IPREM et CPMOH).
Exposé de P. Koval sur l’état d’avancement de ses travaux dans la programmation de la méthode TDDFT. Il est décidé que P. Koval travaillera en étroite collaboration avec Nguyen Nguyen et O. Coulaud afin d’optimiser les performances du programme, en vue d’une parrallélisation efficace.
07/10/08 : réunion à la DRIMM. (participants : D. Foerster, P. Kovald, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, P. Mary, A. Esnard et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky,pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Fayon et V. Lignères pour l’IPREM). Les quatre points suivants ont été abordés conformément à l’ordre du jour qui était prévu :
Bilan du workshop de Biarritz (24-26 septembre 2008).
Point sur l'état d'avancement du projet et les développements dans un futur proche.
Discussion des programmes de travail des quatre non permanents embauchés dans le cadre du projet pour le dernier semestre de l’année
Programmation des réunions jusqu’à la fin du semestre.
24/09/08 au 26/09/08 premier workshop NOSSI à Biarritz (domaine de Françon). (participants : D. Foerster, P. Kovald, A. Marbeuf pour le CPMOH, O. Coulaud, , A. Esnard et D. Genet pour le LaBRI, Nguyen Nguyen Ky,pour la DRIMM, I. Baraille, R. Brown, P. Bordat, P. Fayon et V. Lignères pour l’IPREM, D. Sanchez, développeur de SIESTA, Donostia International Physics Center, DIPC). Deux types de séminaires ont été présentés à cette occasion : ceux qui faisaient le point sur l’état d’avancement des travaux en cours et ceux, plus didactiques, qui rappelaient le contexte scientifique du projet dans un domaine donné. La venue de D. Sanchez, l’un des développeurs du programme SIESTA nous a permis d’avoir des échanges fructueux pour la mise en œuvre du code TDDFT et du couplage QM/MM.
15/09/08 : début du stage post-doctoral de Vincent Lignères à l’IPREM (sujet : Parameterization of an empirical force field for the silica surface from two dimensional periodic ab initio DFT calculations)
01/09/08 : début du contrat de Damien Genet en tant qu’ingénieur de recherche au LaBRI (sujet : Steering and visualisation of complex, parallel molecular simulations)
01/09/08 : début du doctorat de Pierre Fayon à l’IPREM (sujet : Development of a QM/MM coupling scheme for localized excited states in organic-inorganic hybrid materials: application to photo-sensitizers grafted on silica)
15/07/08 au 18/07/08 : séjour à l’IPREM du professeur W. Smith (Computational Science and Engineering Department, Daresbury Laboratory, Warrington, UK), l’un des développeurs de dl_poly, à l’occasion de la soutenance de thèse de Pierre-André Cazade.
17/07/08 : soutenance à l’IPREM de la thèse de Pierre - André CAZADE (Sujet : « Interactions chromophore-substrat dans les matériaux hybrides: Approche spectroscopique expérimentale et théorique »
15/07/08 : réunion à la DRIMM. (participants : D. Foerster, A. Marbeuf pour le CPMOH, A. Esnard, O. Coulaud pour le LaBRI, R. Brown, P. Bordat et I. Baraille pour l’IPREM). Chaque partenaire fait le bilan de l’état d’avancement des travaux en cours. En particulier, D. Foester fait le point sur les travaux menés par P. Koval durant les trois premiers mois de son stage. R. Brown explique brièvement les modifications implantées dans le code dl_poly qui permettent la prise en compte d’un deuxième champs de force (travail réalisée durant la thèse de P. A. Cazade). Au cours de cette réunion, à la demande générale, la décision est prise d’organiser un workshop de deux jours.
27/05/08 : formation dispensée par A. Esnard à la DRIMM sur le fonctionnement de gforge et du dépôt subversion SVN NOSSI. (Le diaporama et la documentation relatifs à Réflexion autour d’une arborescence cohérente pour les différents codes source intervenant dans le projet.
19/05/08 au 23/05/08 : séjour à l’IPREM du professeur W. Smith (Computational Science and Engineering Department, Daresbury Laboratory, Warrington, UK) pour valider les développements méthodologiques implantés dans le code dl_poly dont il est l’un des développeurs (voir le rapport du partenaire 1, pour la tache A1).
05/05/08 : début du stage post-doctoral de Peter Koval au CPMOH (sujet : TDDFT linear response calculation of the optical spectra of large molecules, based on localized atomic orbitals)
15/05/08 : réunion à la DRIMM concernant la gestion des différentes versions des codes développés et utilisés dans le projet. (participants : D. Foerster, A. Marbeuf pour le CPMOH, A. Esnard, M. Delest, P. Mary pour le LaBRI, R. Brown, I. Baraille pour l’IPREM)
14/03/08 : réunion d’ouverture du projet NOSSI en présence de P. D’Anfray.